《灵枢》名称的演变大略如此，至其命名之义则需具体分析。因其书主要研究针刺问题，故称《针经》；因其卷帙为九卷，故名曰《九卷》，并因此而有《九灵》、《九虚》等名。何以称《灵枢》呢？马翃说：“《灵枢》者，正以枢为门户阖辟所系，而灵乃至神至玄之称。此书之切，何以异是？”
张介宾则简言之说：“神灵之枢要，是谓《灵枢》。”这些说法都是以枢机之玄奥为依据的。
《素问》自战国时代成书到齐梁间全元起作《素问训解》时，一直保持九卷的旧制。只是到全元起注《素问》时，《素问》的第七卷已经亡佚了。
王冰认为是“惧非其人而时有所隐，故第七一卷师氏藏之”的缘故。王冰自谓“得先师张公秘本”，“因而撰注，用传不朽，兼旧藏之卷，合八十一篇二十四卷”。由于王冰补入了《天元纪大论》、《五运行大论》、《六微旨大论》、《气交变大论》、《五常政大论》、《六元正纪大论》和《至真要大论》等七篇大论，并将《素问》全文广为次注，所以才从原来的九卷大大地扩展为二十四卷了。从而成了至今行世的《黄帝内经素问》。当然世上还存在有元代胡氏“古林书堂”十二卷刊本和明代正统年间所刊五十卷《道藏》本，但其内容、篇目次第并无变动，一仍王冰之旧。
至于《灵枢》，虽有《九卷》、《九虚》、《九灵》和《针经》等几个传本系统，但隋唐以后却都亡佚了。宋臣林亿、高保衡等校正医书时亦因其残缺过甚而欲校不能。南宋史崧氏所献的《灵枢经》虽与王冰所引之《灵枢》及王唯一所引之《灵枢》在内容上均有所不同，但毕竟是现今行世的唯一版本。史崧之所以将《灵枢》改成二十四卷，也只是为了与王冰所注之《素问》卷数相同而别无深意。因为原本这两部书都是九卷，现在则都成二十四卷。
元代胡氏“古林书堂”刊本将《灵枢》并为十二卷亦是与其所刊《素问》十二卷本相匹配。至于明刊《道藏》本之《灵枢》只二十三卷而不是五十卷，则是因为《灵枢》较《素问》文字量少之故。
总之，王冰次注的二十四卷本《素问》是现存最早、又经北宋校正医书局校正的。史崧改编的二十四卷本《灵枢》也是现存最早和唯一行世的。
四、《黄帝内经》是我国战国时代以前的医学大成
如前所述，《黄帝内经》既非一时之作，亦非自一人之手，而是战国以前的许许多多的医学著作的总结。这不仅可以从《素问》、《灵枢》各八十一篇这一点得到证明，而且也可以从《黄帝内经》引用了大量的古文献及《素问》、《灵枢》互引、各篇互引等现象上得到证明。
《黄帝内经》所引的古文献大约有50 余种，其中既有书名而内容又基本保留者有《逆顺五体》、《禁服》、《脉度》、《本藏》、《外揣》、《五色》、《玉机》、《九针之论》、《热论》、《诊经》、《终始》、《经脉》、《天元纪》、《气交变》、《天元正纪》、《针经》等16 种；仅保存零星佚文者，有《刺法》、《本病》、《明堂》、《上经》、《下经》、《大要》、《脉法》、《脉要》等8 种；仅有书名者，有《揆度》、《奇恒》、《奇恒之势》、《比类》、《金匮》、《从容》、《五中》、《五过》、《四德》、《上下经》、《六十首》、《脉变》、《经脉上下篇》、《上下篇》、《针论》、《阴阳》、《阴阳传》、《阴阳之论》、《阴阳十二官相使》、《太始天元册》、《天元册》等29 种。至于用“经言”、“经论”、“论言”或“故曰……”、“所谓……”等方式引用古文献而无法知其书名者亦复不少。
正是由于上述情况，我们才说《黄帝内经》的成书是对我国上古医学的第一次总结，《黄帝内经》是仅存的战国以前医学的集大成之作。
五、《黄帝内经》的学术思想
《黄帝内经》接受了我国古代唯物的气一元论的哲学思想，将人看作整个物质世界的一部分，宇宙万物皆是由其原初物质“气”形成的。在“人与天地相参”、“与日月相应”的观念指导下，将人与自然紧密地联系在一起。
人的一切正常的生理活动和病理变化与整个自然界是息息相关的。为了进一步明确这一点，拟从以下几方面加以阐述：
（一）“气”是宇宙万物的本原
如同老子所说：“有物混成，先天地生。寂兮寥兮，独立而不改，周行而不殆，可以为天下母”，“道之为物，惟恍惟惚”，“其上不皎，其下不昧”，“视之不见名曰夷，听之不闻名曰希，搏之不得名曰微”，这都是在说构成世界的原初物质——形而上者的“道”。宋钘、尹文将这种原初物质称之为“气”。《黄帝内经》受这些学说的影响，也认为“气”是宇宙万物的本原。在天地未形成之先便有了气，充满太虚而运行不止，然后才生成宇宙万物。如《天元纪大论》：“臣積（稽）考《太始天元册》文曰：“太虚寥廓，肇基化元，万物资始，五运终天。布气真灵，珝统坤元，九星悬朗，七曜周旋。曰阴曰阳，曰柔曰刚，幽显既位，寒暑弛张，生生化化，品物咸章。’”这其实是揭示天体演化及生物发生等自然法则。在宇宙形成之先，就是太虚。太虚之中充满着本元之气，这些气便是天地万物化生的开始。由于气的运动，从此便有了星河、七曜，有了阴阳寒暑，有了万物。阴阳五行的运动，总统着大地的运动变化和万物的发生与发展。
（二）人与自然的关系
《黄帝内经》认为人与自然息息相关，是相参相应的。自然界的运动变化无时无刻不对人体发生影响。《素问·宝命全形论》说：“人以天地之气生，四时之法成”。这是说人和宇宙万物一样，是禀受天地之气而生、按照四时的法则而生长的，所以《素问·四气调神大论》说：“夫四时阴阳者，万物之根本也。所以圣人春夏养阳，秋冬养阴，以从其根，故与万物沉浮于生长之门。逆其根，则伐其本，坏其真矣。”《素问·阴阳应象大论》也说：“天有四时五行，以生长收藏，以生寒暑燥湿风；人有五脏化五气，以生喜怒悲忧恐。”人生天地之间，人必须要依赖天地阴阳二气的运动和滋养才能生存，正如《素问·六节藏象论》所说：“天食人以五气，地食人以五味。五气入鼻，藏于心肺，上使五色修明，音声能彰。五味入口，藏于肠胃，味有所藏，以养五脏气。气和而生，津液相成，神乃自生。”
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